明崇祯二年、后金天聪三年（1629年），袁崇焕请求将宁远、锦州合为一镇，让祖大寿镇守锦州，何可刚驻宁远，赵率教守关门，同时上书给朱由检极力称赞祖大寿等三人的才能，并说自己五年复辽的计划全靠这三人来实现，如果五年后没有实现，他将亲手将这三人斩杀，自己到司法部门领罪服死。朱由检加封袁崇焕为太子太保，又赐蟒衣银币。
至此，袁崇焕蓟辽之内，已无人可与之抗衡。除了一个人，毛文龙！近十年来，历任蓟辽总督，无论是袁应泰、熊廷弼、王化贞，都没怎么管过他。
明崇祯二年、后金天聪三年（1629年）四月，袁崇焕以东江毛文龙虽然能牵制后金军，但毛文龙耗费的钱粮实在太大，袁崇焕上书请求让朝廷派人来管理毛文龙部的军饷，毛文龙不喜欢有文官监制着自己，于是上书争辩。而后毛文龙前来拜谒袁崇焕，袁崇焕以上宾之礼接待毛文龙，毛文龙也不谦让，袁崇焕于是决定杀掉毛文龙，这个念头可能早就冒出来了，只不过此次加深了杀掉毛文龙的想法。
因为早在崇祯元年七月（1628年），袁崇焕在京城时找过大学士钱龙锡，曾有过这么一段对话：“毛文龙可用则用之，不可用则杀之。”并且连杀他的方法都想好了：“入其军，斩其帅！”
同年五月，袁崇焕以阅兵为由去见毛文龙，毛文龙设宴与袁崇焕喝酒，俩人常常喝到半夜，毛文龙完全没有觉察到袁崇焕的来意。
袁崇焕提议更改军营制度，设置监察官员，毛文龙对此建议感到不高兴，袁崇焕用回乡来打动他：“你在边疆这么久，实在太劳累了，还是你老家西湖好。”其实言外之意就是毛文龙你回老家吧，只要你把权利乖乖交出来，我可以不杀你。
毛文龙说：“我向来有这个意思，但只有我知晓辽东的事务，辽东的事情解决后，朝鲜衰弱，还可以袭击占有。”（我在这挺舒坦的，而且这都是我的人，谁也别想替代我。）袁崇焕对毛文龙的回答感到不高兴。
而后袁崇焕邀请毛文龙观看将士射箭，预先在山上设置好帐篷，令参将谢尚政等率兵埋伏在帐外。毛文龙到了之后，他的部下没能入内。袁崇焕说：“我早晨就走，你担当海外的重托，请受我一拜。”
毛文龙回拜之后俩人开始登山。路上袁崇焕问随从官员的姓名，大多都是姓毛的。毛文龙说：“这些都是我的孙子。”袁崇焕笑着说：“你们在海外长久劳累，每月禄米只有一斛，说来痛心，也受我一拜，请为国家尽力。”众人都叩头道谢。
一路走，一路聊，袁崇焕很和气，毛文龙也很高兴，直到进入营帐的那一刻。袁崇焕接连说出几件毛文龙违法做的事，毛文龙与其争辩，袁崇焕厉声斥责毛文龙，并即下令将毛文龙的冠服去除并捆绑起来，毛文龙表示不服，袁崇焕于是列数毛文龙的十二条罪状，包括钱粮不受管辖、冒功、走私、干海盗、给魏忠贤立碑等等，拿出尚方宝剑，将毛文龙斩杀。
袁崇焕杀了毛文龙之后，害怕他的部下叛变，于是增加他们的饷银，袁崇焕上书给明廷：“东江镇是牵制敌人所必须依托的。现确定两协的编制，马军十营，步军五营，每年饷银四十二万，米十三万六千。”皇帝朱由检对兵员减少军饷却增加的事情感到疑虑，但是一看是袁崇焕奏请的，也就答应了他。
此时皇太极，恐军心懈怠，时常出猎校阅军队。并且推行了振兴文教的措施，提出“以武功戡乱，以文教佐太平”，一改其父努尔哈赤屠杀文人的政策，并于当年进行考试，选取了满、汉、蒙古生员二百人，他已认识到发展文教对治理国家的重要性。
到了初秋，皇太极正出猎回来，有亲卒报道：“明朝来了两员将官，说是到我国投降，现有名单在此。”
皇太极接单一阅，写着孔有德、耿仲明二名。稍作迟疑，便召贝勒多尔衮，及内阁学士范文程入帐，将名单与他传阅，多尔衮道：“恐是明朝奸细。”
范文程道：“闻他不带兵马，只有之身两人，何必惧他？不如召进来，一问便知。”
皇太极点头称善，即命手下将二人召入，二人入见皇太极，伏地大哭。
这一哭到是把皇太极给哭蒙了，遂问道：“为何事所哭”？
二人奏道：“臣等都是东江总兵毛文龙部将，因袁崇焕督师蓟辽，无故将我毛帅杀死，恳求大皇帝发兵攻明，替毛帅报仇，臣等愿为前导，虽死无恨。”
皇太极道：“照汝等说来，是真心投降么？”
二人便立誓道：“如有异心？人人得而诛之！”
皇太极道：“汝二人欲要我报仇，也可代为出力，但山海关内外，有袁崇焕把守，不易进取，你二人可有良策否？”
二人沉吟许久，耿仲明先开口道：“关内外不易得手，何不绕道西北，从龙井关攻入？”
皇太极道：“龙井关在何处？”
孔有德接口道：“龙井关是明都东北的长城口，此去须经过蒙古，方可沿城入关。此关若入，便可向洪山、大安二口，分路进捣，直入遵化，遵化一下，明京便摇动了。”
皇太极喜形于色，便道：“汝等愿作向导么？”
二人齐声称愿。
多尔衮在一旁说道：“二将弃逆归顺，正是实务者为俊杰，但二将前来，曾被明廷察觉否？”
二人齐声答道：“我等潜踪而来，不但明廷未知，连关上的袁崇焕，也未必晓得。”
多尔衮道：“既如此，还请尔等速回登州。”
皇太极一听急了，随即说道：“我要他作攻明的向导，你如何教他速回登州？”
多尔衮解释道：“我军此次攻明，料非一二个月可以回国，若被袁崇焕闻知，从登莱调遣水师，潜入我境，岂不是顾彼失此？好在二将前来，彼尚未晓，现仍回据登州，阳顺明朝，阴助我国，倘袁崇焕令他攻我，他可逗留勿进，若差了别将，他可预先报知，以便堵截，如此不是甚好？”
皇太极叹息道：“如此是好，但无人引我入龙井关，奈何？”
多尔衮道：“蒙古喀尔沁部，已归顺我国，我军到了蒙古，择一熟路的作了向导，便可入龙井关。从前蒙古尝入贡明廷，岂无人熟识路径？”
皇太极大喜，便手指多尔衮，对孔、耿二人道：“这是皇弟多尔衮，足智多谋，计出万全，现请汝等依了他计，仍回登州，秘密行事，将来为我立功，不吝重赏。”孔、耿二人遂领命而去。