《本草纲目》凡例
《神农本草》原为三卷，收录药物三百六十种，分为上品、中品、下品三类。梁代陶弘景将其药量扩充一倍，新增药物仍按原有品级并入。唐代及宋代重新编修时，又各自增补条目，部分药物合并或调整次序，虽保留旧有品类名称，但其原有编排已混乱不堪，分类原则与意义全然丧失。现今重新编撰，统分为十六部为纲，下设六十类为目，各类药物按其属性归列。原三品分类之名均标注于各药条目之下，一览即明，省却查考繁琐。
过去的本草书籍常将玉石、水土混杂不分，各类虫、鱼、介甲也未作区别，甚至有将昆虫归入木部，或把木本植物并入草部的情况。现今对各品类进行了专门归类：首列水火两部，因水土火是万象生成的根基；随后为土部，因其为万物孕育之源；再以金玉石部续之，因其从属于土地。
其后依次为草本、谷物、菜蔬、果品、林木诸部，按照形体由细小至粗大的次序排列。接着是服用器物类，因其材料源自草木。虫豸、鳞介水族、飞禽、走兽诸部居后，最终以人体相关收录结篇，遵循从基础物质到高等生灵的排列规律。
药物常有多个名称，古今称谓存在差异。本书统一采用标准学名为纲目，其余别名皆归入该药名释义部分的附录，以此确立统一规范。同时保留历代药典记载的各种异名标注，以供考证其历史源流。
唐代至宋代累积的药物条目存在重复收录或混淆记录的现象。现已全部核查订正，将同类项归类合并，采用纲属与分目相结合的体例：例如以为纲属，便将其牙齿、犄角、骨骼、脑髓、肝脏、涎液等部位列为分目；以为纲属，便将红粱米、黄粱米等变种列为分目。
每种药物首先解释名称，是为确定正确名称；接着是集解，说明其产地、形态和采集方法；之后是辨疑、正误，辨明可疑之处，纠正错误记载；其次是修治，详细说明炮制方法；随后是气味，阐述药物性质；之后是主治，记录其功效；接着是发明，阐述药物原理；最后是附方，明确实际应用。若删去药方，便是仅有理论而无实际应用了。
唐代、宋代用红色和墨色圈点区分古今内容，但长久流传易生错漏。如今既已刻印成书，直接在药名与主治内容下方标注各家本草着作名称，以便于查阅。
各家本草书籍中重复的内容予以删除，存在疑问或谬误的部分则加以辨明订正，摘取其中精粹部分，分别在对应条目下注明原作者的姓名。这样既能不掩盖前人真实贡献，又能让学术是非有明确的归属依据。
对于形态相似但效用存疑需进一步考辨的药物，或是功效明确却未被世人普遍知晓的品种，一律进行附录补充。若找不到适合归类的位置，则统一附录在各分类篇目末尾。某些古代未被重视而近代展现价值的药物，例如莎根即为现今广泛使用的香附子——陶弘景曾未能辨识，现已成为常用药材；又如辟虺雷这类以往极少记载但现今作为特色药材应用的情况，虽属偏门品种，仍应完整辑录不得遗漏。
唐代和宋代本草书籍未曾记载，而金代、元代以及本朝医家所采用的药物，新增补三十九种。李时珍后续增补三百七十四种。这些虽为医家所用药物，但对药性原理的考证阐释，实则属于儒家探究万物本质的学问，可弥补《尔雅》《毛诗草木鸟兽虫鱼疏》等典籍的缺漏。
旧版医书序言及体例繁杂重复，现仅以《神农本草经》为基准，将《名医别录》等各家学说附列其下，并补入张仲景、李东垣等医家的用药规范。
古本中各类疾病对应的主治药物记载简略且不够确切，王纶《本草集要》与祝穆《证治本草》虽简明却失之驳杂。现按疾病根源分类阐述，便于临床运用。内容虽详但体系清晰，不显杂乱。
将《神农本草经》原始目录及宋代医书总目录附于凡例之后，以存留古本原貌。