徐光启在文渊阁那方隐秘抽屉中锁入“格致院”构想之后，并未让它止步于蓝图。他知道，宏大的愿景需要坚实的台阶，而台阶的每一块砖石，都必须刻着“实利”二字。他借由皇帝那句“若别处有合适的，也可照着样子，仔细着办”的口谕，开始了更具野心的布局。
第一步，是让“协理司”的工作，从单一的纺机改良，悄然扩展至更广泛的“百工”领域。他授意李之藻，在江南调研织造之余，“顺便”留心一切可能“省力、增产出、减耗损”的民间巧技与官营弊政。同时，他以工部名义，向全国各布政使司及重要府州发去一道看似例行公事的咨文，要求各地“留意呈报本处关乎农桑、水利、匠作之改良良法，或现存明显耗费、可加厘革之弊政”，美其名曰“体察下情，博采众议，以裨国用”。
这道咨文并未引起太大波澜，在多数官员眼中，不过是新首辅“务实”风格的又一次体现，或是工部为彰显存在感的寻常公文。但落在一些真正关心实务的地方官、或是某些郁郁不得志却留心技术的佐杂官吏手中，却如同一线微光。开始有零零星星的回复，从各地送达工部“协理司”。有的呈报了某地老农改进的省力水车草图，有的提及了治河民夫自创的某种效率更高的夯土工具，还有的则隐晦地抱怨官营矿厂器械老旧、虚耗甚巨却无钱更新。
这些信息泥沙俱下，真伪混杂，却让徐光启看到了水面之下的暗流——在这庞大帝国的肌体深处，并非一片死寂，仍有零星而顽强的“求变”与“求效”的冲动，只是缺乏引导与汇聚的渠道。
李之藻带着更明确的任务和收集到的初步信息，再次与宋应星深入江南。这一次，他们的目光不再局限于织机工坊。他们走访太湖畔的缫丝作坊，观察女工们在滚烫的水盆前重复千百次的劳苦；他们请教运河边的老船匠，了解漕船结构有无可减省木料、增加载量之处；他们甚至钻进砖瓦窑场，记录窑火控制与成品率的微妙关系。
宋应星的笔记越来越厚，内容也越来越驳杂。他从最初的纺机图谱，扩展到《天工开物》雏形般的各类器械、工序记录。李之藻则运用其算学所长，尝试为这些零散的经验赋予初步的量化分析：某种改良水车预计可提升灌溉效率几何，某种新式夯具可节省人力多少，老旧织机更新关键部件后可能增加的产出与节约的维修费用……
这些工作繁琐而基础，在外人看来甚至有些“不务正业”。但徐光启深知其价值。他定期审阅李之藻送回的简报和宋应星整理出的图谱初稿，并开始私下联络一些对“实学”有兴趣或在专业领域有造诣的官员，如钦天监的李天经（对历法、仪器有研究）、通晓水利的潘季驯旧部等，以探讨学问、咨询专业问题的名义，与他们交流，不动声色地撒播着“重实利、研物理”的种子。
与此同时，徐光启也面临着新的挑战。江南试点扩大的消息，以及“协理司”开始收集各地“百工”信息的动向，终究还是触动了某些敏感的神经。朝中开始有更隐晦的批评声音，不再直接攻击“奇技淫巧”，而是质疑“协理司”职权是否在悄然膨胀？收集这些“微末”信息是否劳民伤财、徒增扰攘？甚至有人暗示，徐光启如此热衷“匠作”，是否有结纳匠役、图谋不轨之嫌？
这些攻击依旧未能形成大浪，但徐光启能感觉到那股熟悉的、柔韧而顽固的阻力在增加。他必须更加小心地平衡，用更多的“实绩”来巩固皇帝的默许，同时避免过早地引发全面对抗。
机会很快以一种意外的方式到来。李之藻和宋应星在调研漕船时，从一位老船匠口中得知，运河某些河段因水闸设计或管理问题，漕船过闸时常常发生碰撞，导致船体损伤、货物落水，每年维修与损耗巨大。而这位老船匠根据多年经验，提出了一套改进闸口导向装置和水流缓释设施的土法构想，并画出了粗糙的示意图。
宋应星如获至宝，立即与李之藻详细记录、完善。李之藻则以“协理司”名义，结合户部历年漕运损耗账目，草拟了一份急报，估算若能在几处关键闸口试行此改良，每年可减省维修费用及货物损耗价值数万两。
这份急报被迅速送抵北京。徐光启阅后，精神大振。这已不仅仅是“增利”，更是“减损”，直接关联到朝廷每年巨大的漕运开支！这比纺织增税，更能触动皇帝和户部的神经。他立刻将这份急报作为“协理司稽核调研所得”，附上简短说明，以最快渠道直呈御前，并同时抄送户部、工部。
西苑之中，万历皇帝正为内承运库一笔额外的修宫苑开销有些心烦，看到徐光启急报中“岁省数万两漕耗”的字眼，眉头不由得挑了挑。虽然具体能省多少还得两说，但“省”字总是好的。他难得地对侍立一旁的张宏多问了一句：“徐先生这折子里说的闸口改良，果真能省下银子？”
张宏早已看过急报，心中虽对徐光启总能找到“实利”切入点感到一丝复杂，但面上恭谨回道：“回皇爷，徐阁老办事向来扎实，李之藻亦是精细人。既然奏称有望减省，想必是经过勘核的。漕运损耗，历年确是户部一大宗开支，若能稍减，于国用总是有益的。”
“唔，”万历点点头，“那就让他们……仔细勘验，若确实可行，又不费大钱，便试试看。”
又一次“试试看”。但这一次，针对的是关系国脉的漕运，其份量已截然不同。
消息传出，工部、户部一些原本对“协理司”不以为然的官员，也不得不重新审视这个不起眼的机构。而徐光启则趁热打铁，以“奉旨勘查漕闸减耗事宜”为名，正式扩大了“协理司”的职能和人员编制（依旧控制在极小范围内），并赋予李之藻更大的协调权限。
夜深人静，文渊阁中，徐光启再次打开了那个隐秘的抽屉，取出了写有“格致院”三字的纸张。他拿起笔，在原先的构想下面，添上了新的注脚：
“……五、察验天下水陆工程、官营作坊之弊，以实学之法，求省费增效之道。”
“……六、慎选一二紧要国计民生之业（如漕运、织造、矿冶），集中人才物力，行系统改良，以求速效，以坚上意。”
蓝图，在现实需求的浇灌下，正一点点变得更加丰满、更加清晰。汇集“百工”星火的努力，终于开始显现出超越单一行业、触及帝国核心利益格局的潜力。徐光启知道，距离正式提出“格致院”的构想，或许还有很长的路要走，但方向已然明确，步伐也愈发坚定。帝国的深处，一场由实利驱动、向效率看齐的静悄悄的革命，正在积蓄着改变时代的力量。