随着超古代文明的落幕，满目疮痍的地球终于获得了片刻的喘息之机。
两只超级怪兽接连在这里栽了跟头，虽然一死一被封，但是它们残留的余威依旧让无数怪兽和宇宙人不敢靠近。
人类文明重燃的微弱火种得以在地球上度过比较平安的前期。
从原始文明一路发展，觉醒超古代基因的个体引导人类快速进入了刀耕火种时代。
并且随着文明重新在地球上复苏，风中残烛的地球意志终于可以回口血了。
大地之光和海洋之光得以重新诞生，但是盖亚和阿古茹依旧无法在地球上重新出现。
赛格古那一战让他们的灵魂也遭受了重创。
虽然可以用来重塑肉体的光芒已经被地球重新孕育，但是他们的灵魂却还未恢复到可以离开地球保护的程度。
因此，盖亚和阿古茹选择了用另一种方法来保护地球——选择他们认可的人类，将力量用一心同体的方式给予他们。
虽然超古代怪兽绝大部分都随着超古代文明一同落幕了，依旧有部分幸运儿躲过了那场大浩劫。
哥尔赞、美尔巴等等…被大家熟知的超古代怪兽就在其中。
随着灾难的平息，它们也逐渐从漫长的长眠中苏醒。
对于新生的人类文明而言，这是个如同天塌了般的噩耗。
就算有觉醒了超古代基因的个体引领文明快速发展，因为时间太短，依旧在冷兵器时代。
人类只能在被盖亚和阿古茹选中的战士的庇护下生存。
仿佛是命运也不愿意放过地球，又一场灾难降临了。
太阳系范围内出现的次元震荡，来自另一个次元，被称为精灵界的世界与地球发生了融合。
一时间，地球上多出了一大堆因为精灵界的融合而出现的稀奇古怪的生物。
也就是黑魔导、青眼白龙、混沌战士等等…自称决斗怪兽的生物。
但也并不完全是坏消息，精灵界的融合让地球意志壮大了一波，让盖亚和阿古茹得以晋级V2。
并且有大胆的人类与和人类有着类似容貌的决斗怪兽接触后，发现大部分决斗怪兽都可以沟通，有一部分对人类表现出了善意。
因此，有一部分人类与决斗怪兽签订契约，以卡牌作为平时容纳决斗怪兽的媒介，在需要时召唤它们战斗。
就如同另一个世界的古埃及。
（降临的大多都是普通精灵，强力的精灵都是少数，像是三幻神这种强者，在察觉到次元动荡后就离开了即将与地球融合的那片区域。）
这些与决斗怪兽签订契约的人类，在和自己的伙伴朝夕相处中，逐渐了解了名为决斗者的存在。
不过这个宇宙终究是以奥特系列的概念为核心，游戏王世界的打牌规则在这个世界无法奏效。
不过人类倒是借此发明了扑克牌等一系列卡牌游戏，驾驭决斗怪兽的人类也开始自称为决斗者。
同年，雷布朗多星人在宇宙中搅起了一片腥风血雨。
靠着自身强大的实力，以及终极战斗仪这件可以操纵上百只怪兽（加强版，无论什么等级，只要收了就能强行控制）的神器，很快统治了大半个宇宙。
人类逐渐接纳并且发展出与决斗怪兽和平共处的社会时，由他引起的战火终于燃到了地球上。
加坦杰厄和赛格古的大名在宇宙中可是如雷贯耳，雷布朗多星人自然也曾听闻过这两只究极怪兽的名号。
而且他本人也是在那场进化风暴中诞生的强者之一，靠着杀戮与掠夺逐渐成长到了如今LV.7的水准。
（主宇宙的雷布朗多自然不可能只有这点实力，混合宇宙的雷布朗多还在发育期就在地球上嗝屁了。）
通过在征服路途上偶然得到的消息，那两只究极怪兽似乎最后的踪迹就出现在这个宇宙角落的太阳系上。
那两只怪兽的强力，让还在发育期的雷布朗多心动不已。
就算那两只怪兽真的死在了地球上，他也可以将它们的残魂收进终极战斗仪中，然后温养复活出忠诚的战斗傀儡。
于是乎，倒霉的地球又双叒叕一次迎来了一个黑暗侧大爹。
顺着线索一路来到地球上，雷布朗多就被地球如今人类与决斗怪兽携手并进的环境给震惊了。
在震惊之后，出现在他内心中的就是无法压抑的贪婪。
以他的眼力，自然看出了这些被称作决斗怪兽的生物的潜力。
虽然来到地球的没有那些决斗怪兽中的顶尖存在，但依旧有像是黑魔导、青眼白龙等潜力十足的决斗怪兽。
这些决斗怪兽的潜力可比雷布朗多当时手中的大部分怪兽都强多了。
但是决斗怪兽自然也不可能看着自己眼睁睁被这个外来者奴役。
于是乎，继超古代文明的两次后，第三次地球保卫战爆发了。
以盖亚和阿古茹两位光之巨人为首，地球上一众强者向雷布朗多发起了冲锋。
那一战超越了之前的两次地球保卫战。
加坦杰厄和赛格古虽然也有暴兵能力，但是大多都更依仗自己的实力。
而雷布朗多则恰恰相反，因为还处在发育期，加上混合宇宙加强版终极战斗仪的强力，他走的是召唤师路线。
在他的力量强化下，终极战斗仪中的100只怪兽最低都有LV.5！
而人类这边，因为强力的决斗怪兽在融合之前就脱离了融合的区域，所以最强的决斗怪兽也就是一只勉强到达LV.5门槛的青眼白龙。
加上LV.5的V2盖亚、V2阿古茹。
这就是当时地球上的顶尖战力。
实力的差距让人类一方被打的节节败退。
虽然在战斗中，盖亚和阿古茹发现可以通过交换彼此的光来实现左脚踩右脚螺旋升天，但也止步于双双到达SV。
而青眼白龙则得到了当时地球好不容易孕育出来的残缺天空之光，进化为了青眼精灵龙。
不少在战斗中成长起来的决斗怪兽也或是发生了进化，或是搭档的决斗者掌握了仪式、融合、同调、超量的其中之一。
一番交战下，居然还真将雷布朗多的军队给拼掉了大半。
是人类一方也彻底大残。
最强战力的盖亚、阿古茹受到重创，人间体更是差点嗝屁，幸亏治疗型的决斗怪兽拼命把他们奶了回来。
青眼精灵龙为了在围剿中掩护盖亚和阿古茹撤退，引爆了体内的天空之光战死沙场。
虽然被逼到了绝境，但是雷布朗多也把人类社会的风气从恐惧给逼到了愤怒。
明知已经逃不过这一劫，所以当时的人类本着死也要从对手身上啃块肉下来的心思，各种狠招都拿出来了。
结果还真被他们试出了一些不得了的东西——奥特曼与决斗怪兽的融合！
于是乎，穿的跟个圣斗士一样，战力双双到达了LV.6+的盖亚、阿古茹重返战场！
二者在同伴的掩护下直捣黄龙，正面对上了雷布朗多。
不过雷布朗多虽然走的是召唤师路线，自身的实力也并不算弱，盖亚和阿古茹合力也落入了下风。
虽然之后又有人类爆种憋出了强如【超魔导龙骑士-真红眼龙骑士】这种强力的决斗怪兽。
但也只能勉强护住人类的最后一块净土，根本无法支援盖亚和阿古茹。
绝境之下，阿古茹的人间体心里清楚，再这样下去他们两个都会被耗死。
于是在和阿古茹沟通完后，果断发起了自杀式袭击。
海洋之光受到重创，阿古茹的灵魂再次陷入沉睡，人间体更是当场身死道消。
不过在咽下最后一口气前，阿古茹的人间体当最后的海洋之光交付给盖亚。
在悲愤中接收了好友最后的馈赠，盖亚与其人间体之间产生了前所未有的共鸣。
SSV盖亚（LV.7）诞生！
真正拥有了和雷布朗多同台竞技的实力！
但是战斗到这种地步，无论是雷布朗多还是盖亚都已经伤痕累累。
再加上当时的战场在宇宙，盖亚得不到地球的支援，持久战对他不利，于是学着好友发起了自杀式袭击。
最后拼着重伤之躯，腹部插着把他捅了个对穿的终极战斗仪，抱着雷布朗多飞向宇宙深处，自爆与对方同归于尽。
至此，地球又一次在灭世危机中挺了过来。
同时也又一次打空了绝大部分储备战力。
三道地球之光都风中残烛，99%的决斗怪兽战死。
之前好不容易融合出来的真红眼龙骑士也拼尽最后一口气消灭了雷布朗多的怪兽军团，力竭战死。
幸存下来的决斗怪兽或是伤痕累累，或是已经命不久矣，亦或者是几乎没有战斗力的杂鱼。
只有青眼精灵龙结合星空的光芒，孕育出的一颗蛋被地球意志拼死保留了下来，在其生机消散前，将天空之光注入。
地球似乎自古开始就是一个坐牢副本，刚击败雷布朗多不久，魔格大蛇的卵就随着一颗陨石降落到地球上。
因为已经没有拿得出手的战力，加上地球意志也在之前的战斗中几乎燃尽，没人能够阻止魔格大蛇的孵化。
破壳而出的魔格大蛇幼体在地球上肆虐，并且在此期间掠夺了地球因为与精灵界融合而出现的六元素。
创造出了光暗风火水土这六只魔王兽。
就在这地球危难之际，本着“死也要死在故乡”的想法。
盖亚的人间体靠意志重新汇聚了爆炸四散的大地之光，勉强凝聚出了一副破破烂烂的V2躯体，带着陷入沉睡的盖亚灵魂回到了地球。
结果刚回来就看到地球被魔王兽肆虐成那副模样。
心中的愤怒，加上回到地球后，地球意志将最后没被夺走的力量给了他，让他得以暂回SSV！
不过终究是将死之人，盖亚的人间体只能将魔格大蛇活活打死，然后用最后一口气封印六只魔王兽。
做完了这一切后，盖亚的人间体将盖亚的灵魂交还给地球，随后当场两眼一翻归西。
但是魔格大蛇在死前已经将究极大蛇的卵注入了地球内核，然后破茧而出的那一天。
自爆的SSV地球之光则化作了无数个碎片，散落在了这场浩劫中幸存下来的那些小生命上。
而这些小生命，则在日后进化成了以壬龙为首的友善派一众怪兽。
然后是在宇宙中，雷布朗多终究走上了主宇宙的他相同的道路。
虽然还未成长到巅峰就嗝屁变成了残魂，依旧从地球上的决斗者职业身上得到启发。
经过不断的研究，通过自己的遗传因子创造出了雷奥尼克斯这一种族。
计划通过发起雷奥尼克斯之间的战争，占据最后胜出并吸收了所有遗传因子的最强雷奥尼克斯的身躯实现复活。