到了贞观十二年，公元638年春季正月乙未日，礼部尚书王珪上奏：“三品以上官员在路上遇到亲王都要下车行礼，这不符合礼仪。”太宗说：“你们这些人如果自抬身份，轻视我的儿子们。”特进魏征说：“亲王的位次在三公之下，如今三品官员都是九卿、八座之类的高官，为亲王下车行礼，实在不合适。”太宗说：“人的寿命难以预料，万一太子遭遇不幸，怎知诸王将来不会成为你们的君主！怎能轻视他们！”魏征回答：“自周朝以来，帝王都是子孙相继，不立兄弟，以此杜绝旁支子弟的觊觎之心，堵塞祸乱的根源，这是治国者必须深以为戒的。”太宗于是采纳了王珪的奏请。
二月，吏部尚书高士廉、黄门侍郎韦挺、礼部侍郎令狐德棻、中书侍郎岑文本编撰《氏族志》完成，呈献给太宗。此前，山东地区的崔、卢、李、郑等家族，喜好夸耀门第，即使世代衰落，若其他家族想与他们联姻，必定索要大量财物；有的家族舍弃本土籍贯，妄称名门望族；有的兄弟身份地位相同，却因妻家背景而相互攀比欺凌。太宗对此十分厌恶，命令高士廉等人广泛搜集天下谱牒，核对史籍记载，考证真伪，理清宗族辈分，评定等级高低，褒扬忠臣贤士，贬斥奸佞叛逆，分为九等。高士廉等人将黄门侍郎崔民干列为第一等。太宗说：“汉高祖与萧何、曹参、樊哙、灌婴等人都出身平民，你们至今仍推崇敬仰他们，认为是英贤之人，难道是因为他们的世袭爵位吗！北齐高氏偏安山东，梁、陈两朝局促江南，虽然也有人才，又有什么值得称道的？何况他们的子孙才能品行衰败浅薄，官爵地位衰落，却仍傲慢地以门第自负，兜售祖先的名望，依附权贵，弃廉忘耻，我不知道世人为何看重他们！如今三品以上官员，有的凭借德行，有的凭借功勋，有的凭借文采，才获得尊贵的地位。那些衰世的旧家族，实在不值得仰慕！然而有人却希望与他们联姻，即使多送金银布帛，仍被他们轻视怠慢，我不明白这是什么道理！如今想要纠正错误，舍弃虚名追求实效，而你们却仍将崔民干列为第一等，这是轻视我的官爵而迎合世俗的看法。”于是下令重新修订，专门以当朝官阶品级作为高低标准。由此，皇族列为第一等，外戚列为第二等，将崔民干降为第三等。全书共收录二百九十三姓，一千六百五十一家，颁布天下。
乙卯日，太宗车驾向西返回长安；癸亥日，前往河北地区，观赏砥柱山。甲子日，巫州獠人反叛，夔州都督齐善行击败他们，俘获男女三千多人。
乙丑日，太宗祭祀禹庙。丁卯日，抵达柳谷，观赏盐池。庚午日，到达蒲州，刺史赵元楷督促百姓身穿黄纱单衣迎接车驾，大肆装饰官署楼阁，又准备了一百多只羊、几百条鱼来馈赠皇亲国戚。太宗责备他说：“我巡视河洛地区，凡是所需之物，都由国库供给。你所做的都是隋朝灭亡的恶劣风气！”甲戌日，太宗前往长春宫。
戊寅日，太宗下诏：“隋朝已故鹰击郎将尧君素，虽然如同桀犬吠尧，没有归顺朝廷的志向，但疾风知劲草，他的行为确实彰显了坚贞不屈的节操；可追赠他为蒲州刺史，同时寻访他的子孙上报朝廷。”
三月辛亥日，着作佐郎邓世隆上表请求搜集太宗的文章汇编成书。太宗说：“我的言论诏令，对百姓有益的，史书都会记载，足以流传不朽。如果没有益处，汇编起来又有什么用！梁武帝父子、陈后主、隋炀帝都有文集流传于世，又怎能挽救他们的灭亡！君主担忧的是没有德政，文章有什么用！”于是没有批准。
丙子日，因皇孙出生，太宗在东宫宴请五品以上官员。太宗说：“贞观之前，跟随我平定天下，是房玄龄的功劳。贞观以来，纠正我的过失，是魏征的功劳。”于是赏赐他们每人一把佩刀。太宗对魏征说：“我如今的政事与往年相比如何？”魏征回答：“陛下的威望德行所及，比贞观初年更远了；但百姓的心悦诚服却不如从前。”太宗说：“远方的人畏惧威望、仰慕德行，所以前来归顺；如果不如从前，又怎能做到这一点？”魏征回答：“陛下过去因天下未治而忧虑，所以德义日益更新；如今因天下安定而安逸，所以不如从前。”太宗说：“我如今所做的，仍和往年一样，有什么不同呢？”魏征回答：“陛下贞观初年，担心大臣不进谏，常常引导他们发言，中间阶段乐于采纳劝谏。如今却不是这样，即使勉强采纳，也面带难色。这就是不同之处。”太宗说：“具体有哪些事情可以说来听听？”魏征回答：“陛下过去想杀元律师，孙伏伽认为依法不应处死，陛下赏赐他兰陵公主的庄园，价值一百万钱。有人说：‘赏赐太丰厚了。’陛下说：‘我即位以来，没有进谏的人，所以赏赐他。’这是引导大臣进谏。司户柳雄谎称自己有隋朝的官资，陛下想杀他，采纳戴胄的劝谏后停止了。这是乐于采纳劝谏。最近皇甫德参上书劝谏修建洛阳宫，陛下很生气，虽然因我的劝说而停止，但只是勉强采纳。”太宗说：“除了你，没有人能说出这些话。人最苦于不能自知啊！”
夏季五月壬申日，弘文馆学士永兴文懿公虞世南去世，太宗哭得十分悲痛。虞世南外表温和柔顺，内心忠诚正直，太宗曾称赞他有五绝：一德行，二忠直，三博学，四文辞，五书法。
秋季七月癸酉日，任命吏部尚书高士廉为右仆射。乙亥日，吐蕃侵犯弘州。
八月，霸州山獠反叛，烧毁官府、杀害刺史向邵陵以及官吏百姓一百多家。
起初，太宗派遣使者冯德遐安抚慰问吐蕃，吐蕃听说突厥、吐谷浑都娶了唐朝公主，便派遣使者跟随冯德遐入朝，携带大量金银财宝，上表请求通婚；太宗没有同意。使者返回后，对赞普弃宗弄赞说：“我刚到唐朝时，唐朝对待我非常优厚，答应通婚。恰逢吐谷浑王入朝，从中挑拨离间，唐朝对我的礼遇便逐渐冷淡，也不再同意通婚。”弄赞于是出兵攻打吐谷浑。吐谷浑无力抵抗，逃到青海以北，百姓和牲畜大多被吐蕃劫掠。
吐蕃进而击败党项、白兰等羌族部落，率领二十多万大军驻扎在松州西境，派遣使者进贡金银布帛，声称前来迎接公主。不久后进攻松州，击败都督韩威；羌族首领阎州刺史别丛卧施、诺州刺史把利步利都献出州城反叛，归顺吐蕃。吐蕃接连作战不止，有八位大臣因劝谏弄赞不听而自杀。壬寅日，太宗任命吏部尚书侯君集为当弥道行军大总管，甲辰日，任命右领军大将军执失思力为白兰道行军总管、左武卫将军牛进达为阔水道行军总管、左领军将军刘简为洮河道行军总管，率领步兵骑兵五万人攻打吐蕃。
吐蕃围攻松州城十多天，牛进达担任先锋，九月辛亥日，趁吐蕃不备发动突袭，在松州城下击败吐蕃军队，斩首一千多人。弄赞感到畏惧，便率军撤退，派遣使者前来谢罪，同时再次请求通婚；太宗同意了。
甲寅日，太宗问身边大臣：“帝王创业与守成哪个更难？”房玄龄说：“天下大乱之初，与群雄并起争夺天下，然后使他们臣服，创业艰难啊。”魏征说：“自古以来的帝王，没有不是在艰难中取得天下，在安逸中失去天下的，守成更难啊。”太宗说：“房玄龄和我一同夺取天下，出生入死，所以知道创业的艰难。魏征和我一同安定天下，常常担心在富贵中产生骄奢，在疏忽中引发祸乱，所以知道守成的艰难。然而创业的艰难，已经过去；守成的艰难，正应当与各位谨慎对待。”房玄龄等人拜谢说：“陛下能说出这番话，是天下的福气啊。”
起初，突厥颉利可汗灭亡后，北方地区空虚，薛延陀真珠可汗率领部落在都尉犍山以北、独逻水以南建立王庭，拥有二十万精兵，立他的两个儿子拔酌、颉利苾分别主管南、北部落。太宗因薛延陀强盛，担心将来难以控制，癸亥日，册封他的两个儿子都为小可汗，各自赐予鼓和旗帜，表面上表示优待尊崇，实际上是为了分割他们的势力。
冬季十月乙亥日，巴州獠人反叛。己卯日，太宗在始平打猎；乙未日，返回京城长安。
钧州獠人反叛；派遣桂州都督张宝德讨伐平定他们。十一月丁未日，开始在玄武门设置左、右屯营飞骑，由各位将军统领。又选拔飞骑中智勇双全、骁勇矫健、擅长骑马射箭的人，号称百骑，身穿五色袍，乘坐骏马，以虎皮为马鞍垫，凡是太宗出游就跟随左右。己巳日，明州獠人反叛；派遣交州都督李道彦讨伐平定他们。
十二月辛巳日，左武候将军上官怀仁在壁州攻打反叛的獠人，大败他们，俘获男女一万多人。
这一年，任命给事中马周为中书舍人。马周机智善辩，中书侍郎岑文本常常称赞：“马君议论事情，引经据典，品评古今，抓住要点，删去繁杂，文辞恰当，道理透彻，一字不可增，也不可减，听他说话，娓娓动听，令人忘记疲倦。”
霍王李元轨喜好读书，恭敬谨慎，安分守己，言行举止不鲁莽。担任徐州刺史时，与处士刘玄平结为平民之交。有人问刘玄平霍王的长处，刘玄平说：“没有长处。”提问的人感到奇怪。刘玄平说：“人有短处才能显现出长处，至于霍王，没有短处，我怎么能称赞他的长处呢！”
起初，西突厥咥利失可汗将国家分为十部，每部设置一名酋长，还各赐予一支箭，称为十箭。又分为左、右两厢，左厢号称五咄陆，设置五大啜，居住在碎叶以东；右厢号称五弩失毕，设置五大俟斤，居住在碎叶以西；统称十姓。咥利失失去民心，被他的大臣统吐屯袭击。咥利失战败，与他的弟弟步利设逃到焉耆据守。统吐屯等人准备拥立欲谷设为大可汗，恰逢统吐屯被人杀死，欲谷设的军队也战败，咥利失重新收复了原来的土地。到这时，西部部落最终拥立欲谷设为乙毘咄陆可汗。乙毘咄陆即位后，与咥利失展开大战，伤亡惨重。于是将西突厥的土地一分为二，自伊列水以西归乙毘咄陆管辖，以东归咥利失管辖。
处月、处密部落与高昌一同攻占焉耆的五座城池，劫掠男女一千五百人，烧毁他们的房屋后离去。
贞观十三年，公元639年春季正月乙巳日，太宗车驾前往献陵祭拜；丁未日，返回宫中。
戊午日，加封左仆射房玄龄为太子少师。房玄龄自认为担任宰相十五年，儿子房遗爱娶了太宗的女儿高阳公主，女儿是韩王妃，深怕地位过高招致灾祸，便上表请求解除宰相职务；太宗没有同意。房玄龄坚持请求不止，太宗下诏禁止他再上表，他才就职。太子想向房玄龄行拜师礼，设置了仪仗侍卫等待他，房玄龄不敢拜见太子，直接返回，当时的人都赞美他谦逊有礼。房玄龄认为户部掌管天下的利害得失，曾经有空缺，没能找到合适的人选，于是自己兼任了这一职务。
礼部尚书永宁懿公王珪去世。王珪性情宽厚，生活十分节俭。到现在，三品以上官员都建立了家庙，王珪显贵已久，却只在卧室祭祀祖先。被司法部门弹劾，太宗没有追究，命令有关部门为他建立家庙，以此让他羞愧。
二月庚辰日，任命光禄大夫尉迟敬德为鄜州都督。
太宗曾经对尉迟敬德说：“有人说你要谋反，为什么？”尉迟敬德回答：“我谋反是事实！我跟随陛下征战四方，身经百战，如今能活下来，都是从刀枪箭雨中侥幸脱险的。天下已经平定，却反而怀疑我谋反吗！”于是解开衣服扔在地上，露出身上的伤疤。太宗为此流下眼泪，说：“你穿上衣服，我不怀疑你，所以才告诉你，你又何必怨恨呢！”
太宗又曾经对尉迟敬德说：“我想把女儿嫁给你，怎么样？”尉迟敬德叩头辞谢说：“我的妻子虽然粗陋，但我们一起经历贫贱，已经很久了。我虽然没有学问，但听说古人富贵了也不更换妻子，这不是我想要的。”太宗于是作罢。
戊戌日，尚书省上奏：“近代挑选后宫嫔妃，有的来自微贱家族，不懂得礼仪教化；有的来自受过刑罚的家庭，心中积满忧愁怨恨。请求从今以后，后宫及东宫的职位有空缺，都挑选出身良家、有才能德行的人补充，按照礼仪聘娶；那些没入官府的罪犯家属以及向来微贱的人，都不得补用。”太宗采纳了这个建议。
太宗已经下诏让宗室大臣世袭刺史职位，左庶子于志宁认为古今情况不同，恐怕不是长久安定之道，上疏劝谏。侍御史马周也上疏，认为：“尧、舜的父亲，还有丹朱、商均这样不成器的儿子。倘若有孩童继承职位，万一骄横愚昧，百姓就会遭受灾祸，国家也会受到损害。想废除他吧，他父亲的功绩还在；想保留他吧，他的恶行已经显露。与其伤害现在的百姓，不如对已去世的大臣割舍恩情，这是很明显的道理。然而之前所谓的爱护他们，却恰恰是伤害他们。我认为应当赐予他们土地和封户，倘若他们有才能德行，就根据才能授予官职，让他们既能承受陛下的大恩，子孙也能终身享受福禄。”
恰逢司空、赵州刺史长孙无忌等人都不愿前往封地，上表坚决推辞，说：“自从承受陛下恩典以来，我们孤独无依，如同踩在春天的薄冰上；宗室亲戚忧心忡忡，如同处在沸水烈火之中。回想三代时期的分封制度，大概是因为天子力量不能控制天下，所以顺势利用分封，礼乐制度大多不是天子自己制定的。两汉废除诸侯，设置郡守，消除了过去的弊端，非常符合事理。如今因为我们这些人，又要变更制度，恐怕会扰乱圣朝的纲纪；而且后代愚昧不肖的继承人，或许会触犯国家法律，自取灭亡，再因为世袭的赏赐，导致宗族被灭绝的灾祸，实在令人哀怜。希望陛下停止颁布这道诏令，赐予我们保全性命的恩典。”长孙无忌又通过儿媳长乐公主向太宗坚决请求，并且说：“我披荆斩棘辅佐陛下，如今天下安宁统一，为什么要把我们抛弃到外州，这和流放有什么区别！”太宗说：“割让土地分封功臣，是古今通用的道理，我想让你们的后代辅佐我的子孙，共同传承永久；而你们却又抱怨，我难道是强迫你们接受封地吗！”庚子日，太宗下诏停止世袭刺史制度。
高昌王麹文泰多次阻止西域各国向唐朝进贡，伊吾原本臣服于西突厥，不久后归附唐朝，麹文泰与西突厥一同攻打伊吾。太宗下诏书严厉斥责他，征召他的大臣阿史那矩，想和他商议事情，麹文泰不派遣，只派遣他的长史麹雍前来谢罪。颉利可汗灭亡后，留在突厥的中原人有的逃到高昌，太宗下诏让麹文泰把他们送回来，麹文泰隐瞒起来，不遣送。又与西突厥一同击败焉耆，焉耆向唐朝告状。太宗派遣虞部郎中李道裕前往询问情况，并且对高昌的使者说：“高昌这几年以来，进贡时态度轻慢，没有藩臣的礼节，所设置的官号，都模仿天朝，修筑城池，挖掘壕沟，预备攻打讨伐。我的使者到那里，麹文泰对他说：‘鹰在天上飞，野鸡伏在草丛里，猫在堂屋游荡，老鼠在洞穴里啃食，各自都能找到安身之处，难道不能自己生存吗！’又派遣使者对薛延陀说：‘既然已经成为可汗，就和天子地位相当，为什么要拜见他的使者！’侍奉君主没有礼节，又挑拨邻国关系，作恶而不诛杀，怎么能勉励行善！明年我将要发兵攻打你们。”三月，薛延陀可汗派遣使者上奏说：“我蒙受陛下恩典，想要报答，请发动我的部落作为军队的向导，攻打高昌。”太宗派遣民部尚书唐俭、右领军大将军执失思力携带丝绸赏赐薛延陀，与他们商议进攻高昌的事情。
夏季四月戊寅日，太宗前往九成宫。
起初，突厥突利可汗的弟弟结社率跟随突利入朝，历任中郎将。他在家中蛮横无理，怨恨突利斥责他，于是诬告突利谋反，太宗因此轻视他，很久没有给他升职。结社率暗中勾结过去的部落，聚集了四十多人，谋划趁晋王李治凌晨出宫时，打开宫门，避开卫士，骑马闯入宫中，直接冲向太宗的营帐，想要立下大功。甲申日，结社率拥戴突利的儿子贺逻鹘，在夜晚埋伏在宫外，恰逢刮起大风，晋王没有出宫，结社率担心天亮后事情败露，于是袭击行宫，越过四层帷幕，乱箭齐发，卫士死了几十人。折冲都尉孙武开等人率领众人奋力反击，过了很久，结社率才撤退，骑马闯入御马厩，盗取了二十多匹马，向北逃走，渡过渭水，想要逃回自己的部落，被追兵抓获，斩首示众。太宗赦免了贺逻鹘，把他流放到岭南。
庚寅日，派遣武候将军上官怀仁攻打巴、壁、洋、集四州反叛的獠人，平定了叛乱，俘获男女六千多人。
五月，发生旱灾。甲寅日，太宗下诏让五品以上官员上书言事。魏征上疏，认为：“陛下的志向功业，和贞观初年相比，有十条逐渐不能坚持到底。”其中一条说：“近年来，轻易动用民力。还说：‘百姓无事就会骄奢安逸，让他们服劳役就容易驱使。’自古以来，没有因为百姓安逸而国家衰败、因为百姓劳累而国家安定的道理。这恐怕不是使国家兴盛的至理名言。”太宗对此大加赞赏感叹，说：“我已经把你的奏疏列在屏风上，早晚观看，并且抄录下来交给史官。”于是赏赐魏征黄金十斤、御马两匹。
六月渝州人侯弘仁从牂柯开辟道路，经过西赵，到达邕州，打通了通往交州、桂州的交通，蛮人、俚人投降的有两万八千多户。丙申日，册立皇弟李元婴为滕王。
自从结社率反叛后，上书言事的人大多说突厥留在黄河以南不方便。秋季七月庚戌日，太宗下诏任命右武候大将军、化州都督、怀化郡王李思摩为乙弥泥孰俟利苾可汗，赐予他鼓和旗帜；安置在各州的突厥人和胡人，都让他们渡过黄河，返回原来的部落，让他们世代作为唐朝的屏障，长久保卫边塞。突厥人都畏惧薛延陀，不肯出塞。太宗派遣司农卿郭嗣本赐予薛延陀玺书，说：“颉利可汗已经战败，他的部落都来归顺唐朝，我赦免了他们过去的过错，嘉奖他们后来的善行，对待他们的高官都像对待我的百官一样，对待他们的部落都像对待我的百姓一样。中原崇尚礼义，不灭亡别人的国家，之前打败突厥，只是因为颉利一人危害百姓，实在不是贪图他们的土地和人畜，一直想重新立一位可汗，所以把投降的部落安置在黄河以南，任由他们放牧。如今他们户口繁衍增多，我非常高兴。既然已经答应立李思摩为可汗，就不能失信。秋季中期，我将派遣突厥人渡过黄河，恢复他们的故国。你们薛延陀先接受册封，突厥后接受册封，后者为小，前者为大。你们在沙漠以北，突厥在沙漠以南，各自守卫自己的疆土，安抚自己的部落。如果有超越本分、相互劫掠的情况，我就会发兵，分别追究你们的罪责。”薛延陀接受了诏令。于是派遣李思摩率领部落在黄河以北建立王庭，太宗亲临齐政殿为他饯行，李思摩痛哭流涕，捧着酒杯向太宗祝寿说：“我们是战败亡国后的残余，本应化为尘土，陛下保全我们的性命，重新立我为可汗，希望我们万世子孙永远侍奉陛下。”太宗又派遣礼部尚书赵郡王李孝恭等人携带册书，前往突厥部落，在黄河边筑起祭坛，册立李思摩为可汗。太宗对身边大臣说：“中原是树根树干，四方夷族是枝叶；割掉树根树干来奉养枝叶，树木怎么能繁茂生长！我没有采纳魏征的建议，几乎导致狼狈不堪的局面。”又任命左屯卫将军阿史那忠为左贤王，左武卫将军阿史那泥熟为右贤王。阿史那忠是苏尼失的儿子，太宗对待他非常优厚，把宗室女儿嫁给了他；等到他出塞后，思念中原，见到唐朝使者就哭泣着请求入朝侍奉；太宗下诏同意了。
八月辛未朔日，发生日食。
太宗下诏说：“身体发肤，受之父母，不敢损伤。近来打官司的人有的自残耳目，从今以后再有违犯的，先鞭打四十，然后再依法处置。”
冬季十月甲申日，太宗车驾返回京城长安。
十一月辛亥日，任命侍中杨师道为中书令。戊辰日，任命尚书左丞刘洎为黄门侍郎、参知政事。
太宗仍然希望高昌王麹文泰悔过，再次下玺书，向他说明祸福，征召他入朝；麹文泰最终称病不来。十二月壬申日，派遣交河行军大总管、吏部尚书侯君集，副总管兼左屯卫大将军薛万均等率领军队攻打高昌。
乙亥日，册立皇子李福为赵王。己丑日，吐谷浑王诺曷钵入朝，太宗把宗室女儿封为弘化公主，嫁给了他。壬辰日，太宗在咸阳打猎，癸巳日，返回宫中。
太子李承乾常常因为打猎荒废学业，右庶子张玄素劝谏，他不听从。
这一年，全国共有三百五十八个州府，一千五百一十一个县。
太史令傅奕精心研究术数书籍，却始终不相信这些东西，生病后，不请医生，不吃药。有一位从西域来的僧人，擅长咒术，能让人立刻死去，再念咒让他复活。太宗挑选飞骑中身体强壮的人试验，都像僧人说的那样；太宗把这件事告诉傅奕，傅奕说：“这是邪术。我听说邪不压正，请让他咒我，一定不会起作用。”太宗命令僧人咒傅奕，傅奕起初没有任何感觉，过了一会儿，僧人突然倒地，好像被什么东西击打，再也没有苏醒。又有一位婆罗门僧人，说得到了佛齿，所敲击的东西没有坚硬的能抵挡。长安的男女百姓纷纷前去观看，如同集市一般。傅奕当时卧病在床，对他的儿子说：“我听说有金刚石，性质极其坚硬，没有东西能损伤它，只有羚羊角能击破它，你去试试。”他的儿子前往观看佛齿，拿出羚羊角敲击，佛齿立刻破碎，观看的人才散去。傅奕临终前，告诫他的儿子不要学习佛书，终年八十五岁。他又搜集魏晋以来驳斥佛教的言论，编成《高识传》十卷，流传于世。
西突厥咥利失可汗的大臣俟利发与乙毘咄陆可汗勾结作乱，咥利失陷入困境，逃奔到嚭购笕ナ馈e笫П喜柯溆接他的侄子薄布特勒立为可汗，这就是乙毘沙钵罗叶护可汗。沙钵罗叶护即位后，在虽合水以北建立王庭，称为南庭，龟兹、鄯善、且末、吐火罗、焉耆、石、史、何、穆、康等国都归附他。乙毘咄陆在镞曷山西面建立王庭，称为北庭，厥越失、拔悉弥、驳马、结骨、火燖、触水昆等国都归附他，以伊列水为边界。